本堂にはゲルク派の宗祖ジェ・ツォンカパの仏像が1000体以上置かれている。
チベットよりお連れした拠所
【六臂大黒天】本学堂の拠所の根本の拠り所たる、ハルハ・ジェツン・ダムパ９世が帰依されていた、速得智依怙尊たる、。聖土製。チベットのデプン僧院より招来。御尊顔は細かい点までははっきりしていない。加持有り。稀少な仏像。高さ、一トカン強（50cm）
【夜叉】伝クンケン・ジャムヤンシェーパ五世御製聖土製。赤鼠形、加持有り、高さ、一トカン弱（約45cm）。
【秘密集会・勝楽・怖畏金剛の三像及び護法四尊】ホル産鋳銅製。モンゴル招来の古仏。加持有り。高さ、七トカン（約110cm）
【速得智依怙尊六手マハーカーラ像】金銅製。高さ、身丈程。この内蔵物（スンシュー）として、怖畏金剛身を成就なされた大徳ゲレク・サムドゥプ・リンポチェによって成就された寂静・広大の二つの怖畏金剛曼荼羅一対。モチョク・ゴンポレプパルの加持有り。高さ、一トカン程（約50cm）。
亡命後に建立した拠所
【黒塗正絹製の秘密本智仏画】速得智慧主六手マハーカーラが成就されている。キャプジェ・ヨンジン・ティジャン・リンポチェから頂いた、モチョク・リンチェン・ツォンドゥーの御遺骨および空行母秘密智慧パドマラーガなどの貴重品を上部の細工とした。『造物昇天』『付随品加持』など密教の大成就者たちが口伝してきた儀軌の通り建立された。極めて素晴らしいこの秘密タンカの裏面には、偉大なるダライラマ十四世テンジン・ギャツォ・ペルサンポ猊下とキャプジェ・ヨンジン・ドルジェチャンの御二方を合わせた御三方の全員の御手型。モンドゴットにダライラマ法王が御行幸された際、御寝所に何日か置き、御覧に入れて、ヨンジン・ドルジェチャン様が地儀軌（ラプネー）をなされたことにより、本智がお入りになられたもの。
【弥勒勝者の像】本堂の主仏。身丈程の金銅製。この内臓物には、ゴクチュー・ドルジェ（1036-1102マルパの弟子）の僧院よりロダクの大翻訳者マルパの御遺骨と、中国軍により破壊されかけたガンデン・セルドゥン・チェンモ（ジェ・ツォンカパの霊廟）の内贓物から御救申し上げたジェ・ツォンカパの御遺骨、および歴代ダライラマ法王の御髪と御衣服等があり、クンデリンの仏殿に蒐集されていた希有なる宝物と、キャプジェ・ヨンジン・ドルジェチャンが蒐集された素晴らしい物と、キャプジェ・ヨンジンティジャン・ドルジェチャン・リンポチェが御蒐集なされていたものなどの多くがある。
その他
【クンケン・ジャムヤンシェーパ像】ネパール産銅製、48cmセンチ。内蔵物としては、クンケンジャムヤンシェーパ５世が成就なされた僧伽曼荼羅がある。これはダライラマ十三世トゥプテンギャンツォ猊下が怖畏金剛に近習なされた時法王御自らお唱えになられたマントラ、法王が開版なさった怖畏金剛と水牛の御ツァツァ（小さな粘土製の仏像）、ドモ・ゲシェーリンポチェのお作りになられたジェ・リンポチェの御ツァツァ、オンゲルセーリンポチェの御ツァツァ・アタマ像、迦葉仏の仏舎利二粒などがあり、インドやチベットの大学者の御髪や御召し物などの極めて貴重なものを103個で充たし加持も有るものである。
【金銅製釈迦牟尼三尊像】周囲を百体の釈尊牟尼像で囲む。
【ジェ三父子の像】周囲をジェ・ツォンカパの像二百体で囲んだもの
【ターラ菩薩像】等身大および二十一のターラ菩薩像などの仏像がある。
以上の希有なる仏像は、我々仏教を守る僧侶たちにより身口意の拠り所となっており、常時供養申し上げ、信仰の拠り所としている。
